武师陈厚德(元华 饰)远赴美国开设宝芝林,时常召唤国内的徒弟阿杰(李连杰 饰)来美国帮衬,但阿杰担忧在美的居留问题,迟迟未到。陈厚德曾经收下一名美国弟子尊尼(杰瑞特林伯 饰),尊尼学成后却挑战师傅,意欲扬名立万扩张自己的武馆,陈厚德被尊尼打成重伤,宝芝林也被砸烂,幸好有少女安娜路过,将陈厚德救走。几乎同时,阿杰终于来美探望师傅,岂料一出机场便遭遇各种麻烦,先是莫名其妙收下三名落魄墨西哥少年为弟子,又与查封宝芝林的银行地产部经理阿美(郭锦恩 饰)不吵不相识。阿杰因语言不通,守候宝芝林寻找师傅下落,而尊尼也在四处打探陈厚德的去向,一中一外两名弟子,将为义与利的不同追求狭路相逢……
八国联军入京,朝廷出奔,举国局势一度混乱。黄飞鸿(赵文卓 饰)与父亲黄麒英(刘询 饰)、十四姨(王静莹 饰)、徒弟梁宽(莫少聪 饰)、鬼脚七(熊欣欣 饰)一行人南下番禹,欲与十三姨(关之琳 饰)、猪肉荣(郑则仕 饰)、牙擦苏(郭晋安 饰)汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会,两帮人不打不相识,黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门,惊觉盗米竟是差役领班谢四(张铁林 饰)指使。原来南海海盗趁局势混乱,活动频繁,使番禹一地早无官员统制,差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义,遂放弃赴港计划,与当地海盗单眼英、张玉麟、张保仔等人展开连场搏杀……
本片是徐克执导黄飞鸿系列的第五部。