ある日敏幸は悪漢にからまれていた香璃を偶然助ける。それが縁で二人は付き合い始めるのだが、そのときの勇姿とはかけ離れた現在の敏幸の姿に、香璃は今後の二人のことを考え始めていた。付き合い始めて何度目かの敏幸の誕生日。香璃はバイト先の古道具屋でボロボロのヌンチャクを見付け…。
距离与维克特路基艾尔的决战已经过了一年,光(根岸拓哉 饰)结束了一年的海外进修,回到了日本。此时,咲夜(小池里奈饰)和玛娜(最上もが饰)也一起加入了UPG,组成了新生UPG。然而,和平却没能一直持续下去,雫丘的上空突然出现了谜样的时空城,以及呼喊着“封印所有奥特曼”的超时空魔神艾塔鲁伽和女战士阿蕾娜(小宫有纱饰)。银河和维克特利同UPG一起与艾塔鲁伽、阿蕾娜展开了战斗,但却遭遇了苦战。
战斗中,从别的宇宙赶来的青年春野武藏(杉浦太阳饰)和赛罗奥特曼出现了。为了打倒艾塔鲁伽,赛罗给光、胜(宇治清高饰)进行了特训。UPG也为了解救被封印的奥特曼,和武藏一起突入进了时空城…
一个崇拜奥特曼的男孩小勉,在一次奇妙的际遇中得到了一个红色的玻璃球,原来那是一个能够实现愿望的神奇球,而它可从不同人许下的愿望中更加彰显出许愿者心灵的善恶.....
承接第一部的剧情,gogo红(青柳尊哉 饰)和反派超牛逼大人(佐藤宽之 饰)各自回归了各自平淡的打工日常,甚至因为贫穷找兼职,为了各自的事业而奋斗。这一次他们又会有什么样的火花呢?