在纽约出现了一只神秘的数码兽,他利用自己特殊的力量将太一、阿和、阿空、光子郎、美美、阿丈带到了一个陌生的世界。同时,在纽约的八神光和高石武发现了这只数码兽,并且看到一个美国小孩与数码兽对话之后逃走的情况。巴达兽悄悄地尾随其后,得知这个小孩要去一个叫“花场”的地方寻找“夏天的回忆”。大家赶至那里。 收到小光的电子邮件的大辅他们马上坐飞机来到了美国......
一晃眼,上一次的“黄昏事件”已经过去四年了,风平浪静许久的The World中再度发生了似曾相识的神秘事件。秀悟(皆川纯子 配音)想都没想就进入了游戏之中,而玲奈(中原麻衣 配音)亦尾随其后,一同和他们进入游戏的,还有米蕾尤(松冈由贵 配音)。
不了解这个世界的规则的秀悟很快就吃了瘪,在他和玲奈的面前,竟然出现了罕见的强大怪物铠战将军,而秀悟更是因此game over,就在秀悟弥留之际,一个神秘少女出现在了他的眼前,用一个吻使得秀悟死而复生,复生后的秀悟成为了黄金腕轮的继承者。随着时间的推移,众人发现游戏中的世界似乎遭到了某种侵蚀和破坏,黑暗里,一个阴谋正在缓慢酝酿之中。
十多年前一只拥有巨大威力的妖兽“九尾妖狐”袭击了木叶忍者村,当时的第四代火影拼尽全力,以自己的生命为代价将“九尾妖狐”封印在了刚出生的鸣人身上。木叶村终于恢复了平静,但村民们却把鸣人当成像“九尾妖狐”那样的怪物看待,所有人都疏远他。鸣人自小就孤苦无依,一晃十多年过去了,少年鸣人考入了木叶村的忍者学校,结识了好朋友佐助和小樱。佐助是宇智波家族的传人之一,当他还是小孩的时候他的哥哥——一个已经拥有高超忍术的忍者将他们家族的人都杀死了,然后投靠了一直想将木叶村毁灭的大蛇丸,佐助自小就发誓要超越哥哥,为家族报仇。鸣人他们在忍者学校得到了教官卡卡西的精心指点,在他的帮助下去迎接成长中的一次又一次挑战!
三年前在网络世界被奥米加兽打败的超恶魔兽重生,并不断地产生自己的婴儿期,婴儿期的超恶魔兽通过手机、电脑等入侵现实世界,在现实世界形成数码蛋,最后超恶魔兽出现在现实世界,连最强的奥米加兽被打败。。。。