在旅行的列车上,美雪(铃木杏 饰)再次邂逅了金田一(松本润 饰),并追随于他。同伴用手中的DV记录着发生的一切。某夜,一个木偶团长不幸被害。案发后,警探发现他原本在车厢里的尸体不翼而飞,于是引起了一阵骚乱。探长决定在一家酒店暂时住下,找寻犯罪嫌疑人,金田一等人也一同前往。后来,根据案情,嫌疑人被锁定在木偶团体成员之中,探长想通过体重以缩小搜查范围。但是,一个女成员的意外死亡,却让金田一发现了隐藏的秘密,并由此揭开了一桩尘封多年的旧案真相……
本片根据天树征丸的漫画改编,除上述特别版魔术列车杀人事件外,还包括以下6个事件,分别为幽灵客船杀人事件、法兰西银币杀人事件、黑死蝶杀人事件、速水玲香诱拐杀人事件、魔术的森杀人事件和露西亚人形杀人事件。
大三学生小山一美(小栗旬 饰)是个超级大好人,他的优点同样也是他的缺点,就是他从不说NO。小山不忍心看到别人被拒绝后失望的眼神,于是他参加了众多社团,帮助了众多的人,拥有大批知心或不知心的朋友。这样的生活让小山虽然精神极度愉悦,可物质上却因为帮人借债而极度贫乏。
找到工作的小山开始了在还债借债还债的循环中生活,而他也因此邂逅了许多和他一样面临着债务危机的人。其中有为了舒缓压力的购物狂中原未海(山田优 饰),有被婚姻欺诈师骗过的不能结婚的男人引田修三(八岛智人 饰),帮失踪的父母还债的白石凉(三浦春马 饰)等,在和他们的相处过程中,发生了许多极具现实意味的事情,有笑有泪。人生还有许多比金钱更重要的事,物质可以贫乏,精神却决不能贫乏。