" 魔界树篇
自和黑暗帝国一战后,本应已死的月野兔、水野亚美、火野丽、木野真琴、爱野美奈子和地场卫,在银水晶的帮助下复活,不过他们已经丧失过去作战时的记忆,重新开始平凡的生活。某夜,神秘的大洞出现在十番街,外星人岩和安带着魔界树来到地球,并以兄妹银河星十郎、银河夏美的身份入读十番中学。岩和安的生命之源魔界树正日渐枯萎,他们于是派手下卡魔人四处收集能量。岩和安本是情侣,但却分别爱上小兔和阿卫,使四人的关系变得复杂。因为卡魔人的出现,小兔首先被露娜唤醒记忆,再次成为爱与正义的战士,保卫地球。小兔不想让其它人再度作战,努力想靠自己一人之力战斗。一次亚美等人受袭,阿兔被卡魔人卷起,露娜被逼得恢复了四战士的记忆,于是美少女战士再度集合,为爱与正义而战。虽然水手服战士的记忆是回复了,但阿卫仍未回复记忆,小兔于是出尽方法令阿卫记起她。现在战斗时已没有了夜礼服假面...
彗星ソコネスの異常接近により起きたビッグカタストロフは、地球に天変地異をもたらし、すべての文明を破壊した。復興をはじめた人々は各々の地に都市(タウン)を創り、そのタウンごとに暮らすことを余儀なくされる。その混乱に乗じて謎の毒魔大帝統率いる秘密結社、マドクター軍団は各タウンに侵略を開始した。アメリカ西部のヴィクトールタウンを守るメカニカルコンバット部隊第18連隊に加入したダイゴは、父の遺したゴーディアンを駆使してマドクター軍団と戦う。
ゴーディアンの秘密、ヴィクトールタウンの秘密、ダイゴ自身に隠された秘密、そして「太陽のすかし」とは、一体何か?そして訪れる更なるビッグカタストロフから逃れる術は?ダイゴたちとマドクターは謎のエネルギー、イクストロンを巡る激闘を繰り広げる。