恐龙战队再度与复仇归来的掌控者及其制造的魔方怪物们斗智斗勇,全力保护恐龙城市的故事。在愈发艰难的战斗过程中,恐龙战队成员们在新伙伴冰凝的技术支持下,运用魔方手表陆续召唤出了全新的数码恐龙和电磁恐龙,靠着智慧与谋略和不屈不挠的精神,成功击败了掌控者及其怪物军团,维持了社会的秩序,恢复了城市的安宁。
九重天危机后,世界又恢复了一派安宁景象。当今社会,手机、电脑等电子设备成为了人们的生活必需品,网络信号覆盖全球。有很多人沉迷其中,忽略现实生活,导致生理、心理疾病,甚至道德败坏。这成为了现代社会的顽疾,也让地球成为了黑暗势力的新目标。病毒机械兽来袭地球,散播黑晶,黑晶像蒲公英一样飘入人们的电子设备屏幕里,吸收能量后吞噬屏幕面前的人,使普通人变成黑士兵,而一些沉迷网络,或有网络恶习的人变成机械兽。
平衡的九重天崩陷为九大天锥降临世界各地,无数人类被吸入其中。九重天的守护神被邪恶力量侵蚀控制,肆虐地球。为解救危机,神兽战队艰难与之抗争,得到希望元神的认可,获得力量,勇闯九重天,经历奇幻冒险和重重考验,凭借坚强意志和内心正义,打破黑暗军团的阴谋,最终修复九重天,拯救了人类和地球。