近未来の東京。車は列なり、電車が走り、ひっきりなしに人々が行き交う、何気ない日常の光景が繰り広げられている。街の上空に突如現れる黒い点。その点は見る見る大きさを増していき、街を飲み込んでいく。車も、電車も、そして人々も――。東京は直径数十キロもの黒いドーム、ブラックポイントに覆われた。拡大を止めたブラックポイントの間近。ギリギリ飲み込まれるのを免れたスカイツリーが屹立している。異様な光景を前に呆然としている人々。――と、ブラックポイント中から何かが近づいてくる。いつ果てるとも知れない絶望の中で、人々はブラックポイントより来たりし者を『Zillions of enemy X』、ゼクスと呼んだ―
早自远古时期,人类便被智商远在他们之上的神秘超能力集团“Blessed”所操纵。他们深藏黑暗之处,不着痕迹地左右着人类乃至地球的历史,在世界各处制造祸端与危机。当然人类中不乏有识之士,早已意识到Blessed的存在和危险。这一日,女记者露西·达芬波特来到美国德克萨斯州, 拜访了住在那里的再造人岛村乔(河本启佑 配音)及其伙伴们。在Blessed蓄谋制造更大危机的当下,再造人们注定要结束他们的隐居生活……
本片根据石森章太郎的漫画原作改编。
石ノ森章太郎の代表作『サイボーグ009』を神山健治総監督、柿本広大監督でフル3DCGアニメーション化。国連軍ガーディアンズ設立以来、静かな隠遁生活を送っていた009こと島村ジョーをはじめとするゼロゼロナンバーサイボーグたちが、正体不明の異能者集団“ブレスド”の陰謀に立ち向かうべく新たな戦いへと身を投じていくさまを全3章で描く。本作はその第2章。また全3部作として劇場公開された後、全12話のシリーズ作品として編集されたバージョンのネット配信もされた。