小悟空(野泽雅子 饰)踩着跟斗云,穿越千山万水来到武天老师的住处,希望在此继续磨练武功。与之先后到来的,还有精于谄媚之道的小滑头克林。武天老师故意端着架子,声称只有救出魔神城的睡美人才同意收他们为徒。两个小家伙信以为真,正先恐后向魔神城进发,期间克林还为小悟空制造不少的麻烦。历经千辛万苦,他们终于来到了目的地。与此同时,布玛、乐平、普尔和乌龙来找武天老师玩,得知消息后也赶往魔神城寻找小悟空,途中却遭到恶魔们的袭击,布玛更被看似英俊实则凶残的恶魔城主路西法俘虏。
此时此刻,恶魔们正在进行一项邪恶的计划,小悟空他们能否拯救危机呢?
柯南和小五郎等拉着大队,来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传,大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”,及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传,在“海底宫殿”附近潜水时,意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人,不料其中一人突然遭鲨鱼攻击,不幸身亡!小兰和园子幸运逃难,柯南见那位猎人死状诡异,与灰原一起展开调查。
柯南认为猎人之死,跟宝藏传说有着莫大关系,他试图解开背后原因,“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后,满以为有所起色,猎人却突然现身,并偷走了原来发现的宝藏!小兰和园子落在猎人的魔掌之中,性命危在旦夕!隐藏于传说中的讯息是什么?“海底宫殿”有什么秘密?穿越300年时光的暗号,柯南誓要逐步解开迷题