十七岁的桐山零(河西健吾 配音)是一名将棋棋士,悲惨的童年遭遇让他自幼便失去了家人,这么多年来一直背负着沉重的记忆独自生活,长此以往,零已经习惯了压抑自己的感情,在心房周围筑起了无法撼动的高墙。
某日,零邂逅了川本家的三姐妹——温柔体贴,擅长照顾他人的大姐川本明里(茅野爱衣 配音)、个性开朗乐观,非常不擅长料理家事的二姐川本日向(花泽香菜 配音)和还在上托儿所稚气未脱的小妹川本桃(久野美咲 配音)。三姐妹的出现让零再度感受到了家的温暖,找回了久违的快乐。与此同时,二海堂晴信(冈本信彦 配音)、三角龙雪(杉田智和 配音)和松本一砂(本村昂 配音)等强劲对手的出现,亦令零燃起了对将棋的热爱于斗志。
宁静祥和的见泷原市,全靠魔法少女鹿目圆(悠木碧 配音)、美树沙耶香(喜多村英梨 配音)、巴麻美(水桥香织 配音)以及佐仓杏子(野中蓝 配音)守护,一次次击败了人类灵魂深处产生的“梦魇”,全力包围着她们最为珍惜的城市、家人和朋友。这一天,美丽女孩晓美焰(斋藤千和 配音)作为转校生来到小圆的班级,小圆她们意外发现,晓美竟然也是魔法少女中的一员。在此之后,五位魔法少女同心携手,解决了梦魇接二连三带来的危机。她们的友情笃深,相处分外融洽,但是晓美却对周遭无时不在的违和感隐隐感到不安。某天,她要求杏子和她去风见野一探究竟,然而两人大费周章,竟然怎么也无法走出见泷原。
晓美终于意识到,她和朋友们似乎被某人封在了魔女的结界中。无休止的轮回以及爱欲滋生的幻象,让少女们陷入无休止的混乱深渊……
抱持着帮助他人而化身魔法少女,与此同时却必须背负着残酷的命运。在接二连三的战斗中,善良的美树沙耶加(喜多村英梨 配音)彻底耗尽自己的生命。当她的尸体被晓美焰(斋藤千和 配音)和佐仓杏子(野中蓝 配音)带回时,令她的好友鹿目圆(悠木碧 配音)感受到前所未有的悲伤与痛苦。而从丘比(加藤英美里 配音)那里听说到魔法少女的宿命之说,不禁让她受到前所未有的触动。在杏子的建议下,小圆决定救助沙耶加,而她们即将与最强的魔女之夜(水桥香织 配音)碰面。有关魔女的前途与生命,她们走上一条凶险非常的道路……
本片为魔法少女的剧场版,分三部上映,由TV版12话重新编集而成。